＜在留特別許可の流れ＞
１．入国管理局に出頭
自らの意思で出頭し、不法滞在の事実を正直に申告し、かつ日本に残りたいと述べる必要があります。
２．入国警備官の違反調査
入国警備官が違反事実の有無を調査します。事案に応じて、本人や証人の出頭、証拠の提出などをします。
３．収容令書による収容
一旦は書面上収容される形になりますが、多くの場合は職権で仮放免許可をすることで収容されることなく手続きが可能です。
４．入国審査官の違反審査
入国審査官に身柄は引渡され、入国審査官が違反審査を開始します。
５．特別審理官の口頭審理
特別審理官が在留特別許可を与えるかどうかの判断をするため、本人や配偶者等に聞き取り調査を行います。
６．法務大臣の裁決
法務大臣（実際は委任されている各地方入国管理局長）が在留特別許可を与えるかの裁決をします。
７．在留特別許可
日本に在留する特別な理由があると認められた場合は、在留特別許可となります。
